エクオールについてはまず前提として押さえておきたいのは、大豆からエクオールを作ってくれるのは腸内細菌である、という点です。

エクオール産生菌と呼ばれる腸内細菌が、食べた大豆イソフラボンからエクオールに変換してくれます。この腸内細菌が活発に動いているかどうかが「エクオールをつくれるかどうか」の違いとなります。

なお、エクオール産生菌が活発でない場合は大豆イソフラボン（ダイゼイン）のまま吸収されます。

エクオール検査でエクオールが産生できないと判断されたら、イソフラボン摂取は無駄なのか？

エクオールが産生できる腸内細菌の活動は、食習慣や生活習慣で変わります。エクオール産生が全くできないという方も、中にはいらっしゃるかもしれませんが、多くの方は、食習慣の問題ですので、オリゴ糖や食物繊維などを中心とした食事で腸内細菌が活発化し、エクオールが産出されてくることがあります。ですので、あくまで「現状」エクオールが産生できないという結果が出たということで、一生涯、産生できないという事とは異なります。

大豆イソフラボンはエクオールに変換されてこそ意味があると理解したのだが間違いか？

いいえ、そんなことはありません。あくまで「エクオール」もイソフラボンの魅力の一つです。

「エクオールにならなければ意味が無い」というような情報が広く伝わっておりますが、あくまで「エクオール」もイソフラボンの魅力の一つでありイソフラボン（ダイゼイン）のままでも、血流改善や抗酸化作用などからだに良い作用はたくさんありますので、摂る意味はあると考えています。

なので、エクオールに変換されなければイソフラボンを摂る意味はない、ということはないです。